公司利用休息时间给员工培训，不算工资，迟到还扣钱，合理吗？

首先公司的规定是合理的。
公司有对员工进行技能培训的义务，员工有接受技能培训的权利。
参加培训就要遵守培训管理制度，无故缺训、迟到等都属于违纪行为，公司按规定给予相应的处罚是公司的一种管理行为。
你有这样的疑问，可以看出来你对培训不太感兴趣。培训本来是公司给员工提供的学习机会，通过学习可以提升员工谋生的本领，理所当然的应该受到员工的欢迎，之所以会“不感兴趣”，必定是有原因的。很可能是培训项目或培训方法出问题了。
1、公司设计的培训项目是否准确？
2、内容是否实际？员工是否需要？
3、课程、教材是否合理？
4、教师的教学是否能满足员工的期待？
5、培训方法是否适应员工的需要？
……
等等的问题都直接影响员工的学习积极性，也有很好的培训内容，由于教学手段、方法的陈旧，培训师的知识贫乏教学水平低下，导致员工没有学习的兴趣……