Marks below 40% constitute failure, as does any mark between 40% and 49% that cannot be condoned。
翻译这句话，然后这句话的前提是：more than 3 modules between 40%-49% can not be condoned.

我想知道的是，当有一门在40分以下的时候，如果还有2门在40-49分之间的，那这2门要补考么？

那两门不用补考，你只需要补考那一门40分以下的，但是要考高一点，不能低于49分。

超过三门（模块）在40%-49%之间是“不被允许”的。
分数在40%以下就构成挂科，就像任何在40%-49%之间的分数“不被允许”一样。(前提是已经有两门在40分到49分之间了)
（也就是说，如果你两门在40分到49分之间，一门在40分以下，40分以下的这一门就构成你挂课；当然如果是学分制的话，你修满学分就行，不一定要补考那一门，只要随便补考除了这三门课以外的一门，分数高过49分即可，除非学校规定挂课要一定要补考；这要跟你学校的制度有关系了）
如果三门都在40分到49分之间的话，就要在三门里面选一门补考。