请问国家公务员的笔试中，专业知识一般是什么时候考？

另外，是不是不论报的是哪一个部门，只要过了国家公布的全国统一的分数线就有资格参加复试？

当然不是“不论报的是哪一个部门，只要过了国家公布的全国统一的分数线就有资格参加复试”。国家公布的分数线只是最低要求，还要看你报考的部委的具体职位有多少人通过了这个分数线，然后根据排名，从高分到低分按1：3比例确定面试人员名单。就是说，即使你过了线，但如果报的是个热门职位，你的分数竞争力不强，你觉得你有多大的可能进面试名单呢？2005年国家公务员招考有的职位只招一人，却报了近1500人！除非你有后台，那就好说了。
进入面试名单后，专业知识考试一般会和面试相邻进行。当然，是否进行专业考试，视具体职位要求而定。