Who do you think is the tallest student in your class?

What present do you expect she has got?

上面两句都是正确的，那语序什么时候该反，什么时候不该反？

君所谓“怎么判断混合疑问句和带宾语性质的疑问句 ”我不是很明白。我这里就与你讲一下这个特殊疑问句的实质问题。

特殊疑问句实质上是一种倒装句，它没事吃饱了撑的啊，倒什么装啊？不是撑的，而是为了强调，强调什么啊？强调被提起的那个---即疑问词如例子中的who和what present.这到底有什么作用啊？其实也简单，就是要把“欲问的核心内容”前置。如例子中的“欲问的核心内容”分别就是“谁”和“什么礼物”。
那么句子本来应该是这么讲的：
do you think who is the tallest student in your class?
do you expect she has got what presennt ?
但很明显，这样没有倒装以后能够更清楚明白和有效地把说话人要表达的意思传达给听话人。就是这么个作用。
那么你所谓语序怎么反的问题，就转换为“把那个欲强调的部分提前的问题”。