1914年初，袁唆使其亲信党徒，在报纸上大肆攻击熊希龄。2月12日，熊希龄宣布辞职，熊内阁垮台，进步党被袁世凯遗弃，从此在政治上陷于彷徨。直到1915年袁氏悍然抛弃民国招牌，暴露出复辟帝制的真面目时，进步党人才又在绝望中奋起，梁启超发表著名的《异哉所谓国体问题者》一文，旗帜鲜明地反对袁世凯复辟帝制，吹响了讨袁护国的号角。当年12月，蔡锷在云南宣布独立，护国战争爆发，进步党又联络国民党及其他各方面反袁爱国人士，在孙中山为首的中华革命党的支持下，结成护国讨袁的联合战线，最后粉碎了袁世凯复辟帝制的狂想，迫使洪宪帝制丑剧收场，此即成为进步党最重要的历史功绩。然而护国战争只争回了一块民国的招牌，以后进步党人重又与袁世凯的继承者段棋瑞携手，继续维持以共和其名、军事独裁其实的封建军阀统治。进步党的历史也到此结束。1916年8月国会重新召开，再没有打出进步党的旗号。以后便一分为三，组成以汤化龙为首的宪法研究会，以梁启超为首的宪法研究同志会，以及倾向国民党的孙洪伊为首组成的韬园系。不久，汤、梁两派又合并为宪法研究会，即研究系。研究系后来虽有重建进步党的意图，但终未实现。