我无意中见到“会議を終わる”“原理をわかる”等用法，在词典中这两个动词只有自动词的属性，而此处显然是做为他动词用了。这是怎么回事？自动词能直接通过を作用于宾语的吗？

【終わる】是自动词，它的主体对象应该用【が】，但也有一种表示使之终结的用法，是这个词自身就有的，如：
（「…を終わる」の形で）しまいにする。おえる。
「以上で私の挨拶(あいさつ)を終わります」「これでニュースを終わります」
【わかる】是自动词，同时也是可能动词，可能的对象应该用【が】，这是正确的，也是主要的用法。但也能偶尔看到【～をわかる】的用法，如：【日本語をわかる】，【他人をわかる】等等。这是因为【を】在古代日语中就表示希望，好恶，可能等的对象，现代日语中多用【が】。如：

「水を（が）飲みたい」「君を(が)好きな人はずいぶんいるよ」
供参考。