The changes in interior ocen temperature that these waves carry with it cancel out the original temperature changes that made the EL Ninó in the first place.


意思我能明白只是在语法上分析不出来，那个it为什么会出现？it指的是the changes 么？还是with it?


那位高手能帮我详细分析一下啊。

带carry with的句子中，with后面的代词一般指代的就是主语。
例如：This plan carries with it the risk of...., 这个计划本身带有...的风险，句中it指代的是This plan.

所以，在你的那个句子中的it指代的应该是these waves，只不过作者可能犯了一个小小的语法错误，本应该用复数形式的them，却用了it. 不过有谁又能从不出点小错呢？这样的话，这个句子可翻译为：
由波浪带来的内海温度变化抵消了原来导致厄尔尼诺现象的温度变化。

你把按这样翻译的意思放到上下文中，看合不合逻辑，如果没问题就是它了。